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如何看待吴尊友最新研判新冠疫情称,今冬50%的概率出现「全球第六波新冠疫情流行」?

nesmto的回答

病毒不断突变,且抗体为病毒进化的主要选择压,具有免疫突破能力的新毒株引发新一轮疫情是大概率事件。

一,从过去两年多的历史看,主流毒株每半年左右更新一次,每次更新都会造成一波新的疫情

南非疫情历史数据

主流毒株更替了5次

2022年9月,新毒株不断出现

例如BA.2 家族进化出了BQ.1.1,该毒株载英国相对BA.5.2的增长优势为25%。

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还有BA.2.3.20(可能起源于菲律宾),XBB(BJ.1和BM.1.1.1的重组株)。[1]

在丹麦,BA.2.3.20和BQ.1已经取得增长优势。

新加坡,XBB的增长趋势已经超过了BA.2.3.20[2]

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新一轮更替预计已经不远。

二、病毒处于持续进化状态,抗体为主要选择压

1.病毒的突变

病毒的突变(Mutation)是指基因组中核酸碱基的化学变化。在一次感染中,一个病毒粒子要增殖上百万次,增殖过程中复制发生异常就会造成突变,可以是一个核苷酸的改变,也可为上百上千个核苷酸的缺失或易位。

突变是概率事件。新冠属于RNA病毒,RNA病毒不稳定,病毒复制中的自然突变率 0.0001~ 0.000001。

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基因决定性状,大部分突变让病毒失活,少量突变会让病毒活下来并具备新特性。

新特性有的可以帮助病毒取得传播优势,有的会带来劣势。

2.对人口有限的局部地区而言,感染或者疫苗产生的抗体会阻碍后续感染,疫情传播速度会越来越慢,危害越来越小

自然感染后会产生抗体,疫苗接种也可以产生抗体,抗体在一定时间内对感染有保护作用。

下图为疫苗接种后的免疫效果(同种毒株和该毒株对应的疫苗)

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如果毒株更替,则疫苗防感染的效果会大幅下降

上世纪60年代末,为了在疫苗不足的情况下清零天花,美国流行病学家威廉·福吉推动了“环形接种法”,让感染者的密接、次密接、同时空人员接种疫苗,可以阻断疫情传播。

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人群抗体比例越高,病毒传播过程中传播到有免疫能力个体的几率越大,病毒传播就越困难。

所以,“群体免疫”在特定环境(聚落人口有限,与外界交流极少)下是可行的。

例如英国阿尔法毒株在2020年冬季快速传播,产生高峰,疫情在2021年春天大幅好转。

如果没有Delta的输入,疫情的危害会持续降低。

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3.病原体种群越大(感染人数越多),发生突变的可能性也越大。

突变是概率事件,感染的人越多,突变概率越大。

在我国古代,城市化水平很低,多数人生活在农村,多数人一生的活动半径都没有出县,相当多的人没有出过村,人员跨国流动极其稀少。

如果某地有疫情,基本会形成自发隔离,疫情感染人口数量可能是几百人到几万人,如果形成区域性疫情,感染几百万人基本上到上限了。

21世纪,航空业、高速铁路发达,如果中国、美国、欧洲的任何一个地区有疫情,疫情有机会扩散到全球,感染人员可以上升到十亿这个量级。

4.免疫缺陷患者长期感染病毒将增加突变概率

一般情况下,一个人感染新冠病毒后,在经过大约1—2天的病毒复制、增殖后,开始向身体外排出病毒(即核酸检测阳性),并持续约7—12天,随后免疫系统会清除病毒。[3]

但艾滋病患者、长期服用免疫抑制剂的患者免疫水平低下。病毒得以在他们体内持续复制,给病毒不断积累突变,形成新的变异株提供了条件。

英国科学家跟踪了9名免疫缺陷患者,平均感染时间在73天以上。[4]2022年4月,英国一名感染新冠病毒长达505天的患者去世。

2021年6月,一名艾滋病晚期南非女性被查出体内携带新冠病毒长达216天,期间病毒发生了32次突变,其中包括13次关键的刺突蛋白突变,引发了不少人对晚期艾滋病患者可能成为新冠病毒突变的一个来源的担忧。

2021年11月29日,德国免疫学会秘书长Carsten Watzl表示,Omicron毒株可能比以前的变异毒株更具传染性,并推测Omicron有可能是在HIV患者或者其他免疫缺陷疾病患者身上形成的。[5]

5.现代医学让更多免疫缺陷患者存活

在100年以前,罹患严重疾病,尤其是免疫缺陷疾病的人很难存活。

由于治疗手段的进步,全球有3800万艾滋病感染者存活(2020年数据)。这些患者感染新冠后很难清除病毒,成为病毒突变的温床。

如果不对有免疫缺陷的新冠患者进行隔离,则突变出的毒株很容易扩散出去。

6.同时感染多种毒株会增大基因重组概率

当二种有亲缘关系的不同病毒感染同一宿主细胞时,它们的遗传物质发生交换,结果产生不同于亲代的可遗传的子代,称为基因重组(Genetic recombination)。

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目前不同毒株产生重组的概率加大

  • 在大流行背景下,病毒经过2年多的进化,有越来越丰富的基因库
  • Omicron和之前毒株的交叉免疫较弱,增大了同时感染不同毒株的可能性。
  • 由于国际交通非常发达,不同地区的主流毒株都有前往其他地区的机会,人群交叉感染多种毒株的现象严重,不同病毒重组产生新毒株的概率很大。

三、选择压促进病毒进化

1.选择压的概念

选择压是进化生态学中的概念,指外界环境施加给物种演化方向的压力,不同的外在的压力导致物种向不同方向演化。[6]
假如:一个基因的选择压为0.001,那么一个频率为0.001%的显性基因只要16100个世代就可增加到99%的频率。

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计算原文档:选择压推算.xlsx - 坚果云

2.选择压促进进化的案例

英国曼彻斯特地区有一种叫桦尺蠖的蛾子,喜欢生活在白桦树的表面。19世纪中期,工业革命之前,树干长满了浅色的苔藓,那个时候桦尺蠖多数是浅色的,少数是变异的深色。浅色是一种保护色,接近白桦树皮颜色,天敌不容易看到它。

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但到了20世纪中叶工业革命开始,大量的烟囱排出黑烟,此时黑色的桦尺蠖变成主要的品种,98%、99%都是黑色的,白色的几乎没了;再到后来,随着人们对环境的注重以及产业升级,现在白色的桦尺蠖再次增多,黑色减少。

可以说,桦尺蠖有白色和黑色两种,如果没有自然选择的话,理论上白的、黑的都会很多,当然不一定是完全一比一,但是,在树表面是白的情况下,大量黑蛾都被天敌都吃掉了,下一代越来越少。而活下来的可能都比较灵活,善于躲藏,甚至可能是藏在黑暗的地方,让天敌看不到。

如果不是因为工业污染,黑的蛾子可能会灭绝掉。但是后来因为污染,黑蛾留下来,大的白蛾反而被吃光了。之后又因为污染治理,白蛾的数量逐渐增多。这是一个典型的选择的例子。

当选择压高的时候,在短时间内种群就可以发生重大改变。

3.在不防控状态下,每一波疫情都可能导致半数以上人口感染。

例如2020年下半年印度第一波疫情:

在2020年6月27日至7月10日之间进行的第一次调查中,样本中的新冠肺炎抗体携带率为22.8%,样本量21387。

2020年8月的时候进行第二次调查,新德里人群抗体阳性率29.1%,样本量15000。[7][8]

2020年9月第三次调查,阳性率约25.1%。[9]

2020年10月15日到21日第四次调查涉及15,015人,感染率25.5%。[10]

2021年1月第五次调查样本量28000,感染率60%(也有报道说56.1%)。[11]

【环球时报记者 倪浩】在印度第五轮针对新冠病毒的血清抗体检测中,新德里2.8万个样本中有60%被检出血清抗体阳性。据印度媒体报道,新德里约有2000万人,这意味着至少已有1000万人感染过病毒。这项数据被印媒视为抗击疫情的一大利好,认为新德里实现群体免疫指日可待,或正在走向群体免疫。

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四、免疫逃逸为病毒主要进化方向

1.2022年9月出现的毒株均可以克服既往感染产生的抗体

BioRxiv网站发布的《Imprinted SARS-CoV-2 humoral immunity induces convergent Omicron RBD evolution》提到[12]

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多个毒株的增长潜力超过了BA.5(前提条件:人群普遍具备既往感染史)

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颜色越深增长潜力越大

2.致病性不造成主要选择压,越传播毒性不一定越低

由于新冠具备潜伏期可传播的特性,病情恶化较慢(重症失去行动能力在感染后2-3周)的特性,重症率并不能显著影响传播能力。所以重症率对病毒的选择压不明显。

Omicron的毒性强于其祖先B.1.1

2022年1月12日,NICD和斯坦伦博斯大学联合搞的某预印本[13]

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重症/死亡风险只比Delta低25%了。

Omicron内生毒力比Delta低25%的意思呢,就是说内生毒力比直接祖先B.1.1高一倍多。

葡萄牙数据显示BA.5的入院率、死亡率均高于BA.2毒株

如何看待武汉大学杨占秋教授接受央视采访时表明​BA5致病性很弱,除非检测,否则自己根本察觉不了​?

@拍照稀烂帮帮主 关于XBB的信息

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翻译:

以色列有3个XBB病例,其中2例不到20岁,他们没有流行病学的联系,都入院治疗了(国外只有重症入院)。这意味着XBB的症状可能更重。

所以如果你听到关于XBB的消息,需要提高警惕。

备注:样本量很低,尚没有统计学意义。

3.复制速度快的毒株占据优势

如果病毒复制速度快,则病人感染24小时左右就可以开始排毒,更短的代际间隔、更大的载毒量都会让毒株更有优势。

在2021年Delta取代Beta的过程中,虽然Delta重症率相对更高,但由于Delta感染者传播更快(代际间隔短),Delta还是淘汰了Beta。

五、新一轮疫情预计将增大全球供应链的压力,增大消费者负担

供应链在疫情后持续承压

在大流行之前的几年里,供应链专注于快速,廉价地将货物运送到客户手中。为此,公司依靠外包供应链的各个部分(从而增加供应链的复杂性)来减少存储开销,并确保他们“及时”获得产品来履行客户订单。同样,制造商减少了工厂的备用库存量以降低成本,他们更愿意在需求变化时完全依赖供应链。[14]

这意味着供应链是僵化的,作为一个具有许多组成部分的网络工作,每个组成部分都容易受到链条中其他环节的轻微干扰。

这种复杂性意味着中断的累积影响可能需要很长时间才能解决。

为了克服供应链的困难,工厂不得不增加备用库存量,而更高的库存意味着更高的成本,也意味着工人的工资购买力下降。工资购买力下降是工人罢工的主要原因。

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供应链冲击导致粮食价格上涨

农业遵循根据季节和天气微调的时间表。一个季节的微小扰动会对后续季节的产量和产量造成反弹效应。食品供应链有五个关键阶段:农业生产、收获后处理、加工、分销和消费。

  • 小麦、玉米、玉米、大豆和油籽等主食产品可能是相当资本密集型的,而水果、蔬菜和渔业等高价值产品往往是劳动密集型的。如下图所示,粮食及农业组织(粮农组织)粮食价格指数显示,过去两年来,主要食品的价格大幅上涨。
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  • 大流行造成的劳动力短缺导致劳动密集型工作中断,例如在农场播种和收获。其中许多工作以前由临时或季节性工人填补,由于疾病或移民限制而没有当地或移民工人,影响了供应链。例如,在英国,“为英国挑选”运动旨在寻找当地工人来收割作物,因为海外工人短缺。

  • 物流挑战意味着农民可能难以将产品推向市场。在美国,美国奶农合作社的成员每天倾倒加仑牛奶,因为由于供应链中断和餐馆关闭,他们无法将产品上架。食品从制造商和/或生产商流向最终用户的中断,并可能对食品质量、新鲜度、食品安全和可负担性产生负面影响。

  • 劳动密集型食品加工厂因疾病而受到封锁和对工人的限制的不利影响。例如,在大流行的早期阶段,肉类加工厂被认为是高风险地点。关闭食品工厂会在整个食品供应链中引起连锁反应,生产者经常被迫宰杀农场动物,因为他们无法将牲畜出售给加工厂。

供应链不稳,粮价快速上涨都会让世界更加混乱,回到2019年的生活已经不可能了

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