新华社6月6日称， 6月6日，交通运输部组织福建海事局、广东海事局、东海航海保障中心、东海救助局开展台湾岛东部海域海上交通专项执法行动，全面履行我国海上行政执法管辖权，增强深远海巡航执法和重点水域交通管控能力，保障海上交通安全，维护国家权益。这是针对日本和菲律宾单方面宣布启动中国台湾岛以东“海域划界谈判”、严重侵犯中国领土主权和海洋权益采取的必要行动。

日本内阁官房长官木原稔6月3日在记者会上，就中国等方面反对日菲海洋边界划定谈判一事表示：“该协定只是规定作为缔约方的日本和菲律宾之间的权利与义务，并不对第三方产生法律约束力。从国际法角度看也完全不存在任何问题。”

木原还表示：“这项谈判将在‘自由开放的印度洋－太平洋’理念框架下，成为依据国际法和平解决争端的一个良好范例。”

日本首相高市早苗与菲律宾总统马科斯于日本时间5月28日发表关于全面战略伙伴关系的日菲联合声明，联合声明表明，双方已就启动划定两国专属经济区（EEZ）及大陆架海洋边界的谈判达成一致。为此，日本时间5月29日，中国外交部发言人毛宁在其主持的例行记者会上表示：中方对此强烈不满，坚决反对，已分别向日、菲提出严正交涉。

中国于1日在台湾东部海域开展巡航，并主张“中国的参与不可或缺”等立场。台湾外交部也要求参与相关协商。

这里所说的日本与菲律宾之间的海洋边界，可能是指从日本与那国岛附近向南，到菲律宾伊特巴亚特岛（Itbayat）及其北侧的雅米岛（Yami Island）再往北的海域，其宽度不足400海里，因此双方的专属经济区等海洋权利主张依据（即可能拥有EEZ的法律基础）发生重叠，需要进行边界划定，可能涉及日本最南端的岛屿群——与那国岛、波照间岛等； 菲律宾最北端的巴丹群岛的伊特巴亚特岛、雅米岛等，而上述日菲两国之间的中间区域，距离最近的陆地是台湾，如按照中国 “台湾属于中国领土” 的主张，这一海域的边界划定中国也是当事方。