在南中国海主权争端不断的情况下，中国国务院周二（9月9日）批覆自然资源部，同意新建“黄岩岛国家级自然保护区”，表示要强化对涉及自然保护区各类违法违规行为的监管执法力度。菲律宾外交部表示，将对这一行动提出正式外交抗议，并称中方的这一行动“明显侵犯了菲律宾根据国际法享有的权利和利益”。

菲律宾外交部周四称中方的这一计划“不合法且违法”，并要求北京撤回该计划。菲律宾外交部援引1982年《联合国海洋法公约》（UNCLOS）、2016年南海仲裁案裁决以及2002年《南海各方行为宣言》表示：“菲律宾敦促中国尊重菲律宾对巴约的马辛洛克的主权和管辖权，不要执行并立即撤回其国务院的指令，遵守其在国际法下的义务”。

菲律宾外交部宣称，巴约的马辛洛克长期以来是菲律宾不可分割的一部分，菲方对其拥有主权和管辖权。该部门重申，菲律宾拥有在其领土和相关海域设立环境保护区的“专属权力”。

北京方面，中国外交部发言人林剑在周四的例行记者会上应询时说，“黄岩岛是中国的黄岩岛，建立黄岩岛国家级自然保护区，是中方主权范围内的事，旨在保护黄岩岛的生态环境，维护黄岩岛自然生态系统多样性、稳定性、持续性，符合中国国内法和国际法，也充分体现中方作为负责任大国，积极保护生态环境，推动实现可持续发展的使命担当”。

林剑续称，“菲律宾的领土范围早已由一系列国际条约确定。黄岩岛从来不在其中。中方不接受菲方的无理指责和所谓的抗议，敦促菲方切实停止有关侵权挑衅和肆意炒作，避免给海上局势增添复杂因素”。

斯卡伯勒浅滩的主权从未确立。2016年，在中国缺席的情况下，常设仲裁法院仲裁庭5名仲裁员一致裁定，在《联合国海洋法公约》下中方对南海自然资源不享有基于“九段线”的“历史性权利”。中方不接受、不承认该裁决。该裁决并非旨在确立斯卡伯勒浅滩的所有权。但法庭表示，中方对该浅滩的封锁违反了国际法，该地区是包括菲律宾和越南在内的多个国家的传统渔场。

斯卡伯勒浅滩自2012年以来一直被中国占领。马尼拉和北京都声称对该浅滩拥有主权。斯卡伯勒浅滩因其丰富的渔业资源、保护性泻湖以及靠近主要航道的优势而备受珍视。

8月11日，菲律宾海岸警卫队巡逻舰与解放军海军驱逐舰及中国海警局舰艇在斯卡伯勒浅滩附近海域进行海上机动，期间一艘中国海警舰在追逐一艘菲律宾巡逻艇时，与一艘解放军军舰发生激烈碰撞。事发两天后，美国海军导弹驱逐舰“希金斯”号和濒海战斗舰“辛辛那提”号在距离该浅滩约30海里处航行时，遭到中国海军舰艇的跟踪。

此次部署是在美国驻菲大使卡尔森（MaryKay Carlson）谴责中方在斯卡伯勒礁“针对菲律宾船只的最新鲁莽行动”之后进行的。近年来，菲律宾西北部富饶的渔业环礁一直是中菲两国的海警、渔船和其他船只之间日益紧张的对抗场所。