伊朗批评原子能机构没有谴责以色列以及美国在此次冲突中针对伊朗核设施的袭击。德黑兰还认为，原子能机构对以色列突然袭击伊朗负有一定的责任。因为袭击发生的前一天，在原子能机构总部刚刚通过了一份批评伊朗核计划的决议。7月，伊朗议会通过的一项法律，原则上禁止与国际原子能机构的所有合作。

伊朗外交部长阿巴斯·阿拉格奇周三在国家电视台上澄清说：“关于与国际原子能机构合作的新框架，目前尚未有最终文本获得批准，相关的讨论仍在进行”。 他强调，决定检查人员重返伊朗“是为了监督布什尔核电站的燃料更换工作”。布什尔核电站是伊朗的主要核电站。这位伊朗核谈判主要代表并未提及福尔多、纳坦兹和伊斯法罕核电站，这些核电站在6月份遭到了美国的空袭。

原子能机构总干事则在美国福克斯新闻上强调：“伊朗是《核不扩散条约》的成员国，因此必须接受核查，”并指出伊朗境内有“众多核设施”。“有些设施遭到袭击，有些没有。因此，正在讨论可以采取哪些切实可行的安排，以促进原子能机构在伊朗恢复工作”。

法新社指出，以美国为首的西方国家以及伊朗伊斯兰共和国的死敌以色列长期以来一直怀疑伊朗试图获得原子弹。

德黑兰坚决否认其拥有此类军事野心，但坚持其出于民用目的拥有核能的权利。

此外，法新社也注意到国际原子能机构核查人员的回归正值伊朗恢复与巴黎、柏林和伦敦的谈判之际，如果核问题谈判没有进展，这些国家威胁要恢复对德黑兰的制裁。