在高市当选自民党总裁后，与自民党联合执政的公明党表示可能脱离与自民党的合作，而在野党正在紧锣密鼓，推出在野党候选人角逐首相选举，本来在议会已是少数的自民党，如果失去公明党的支持，在议会中的席位就会更加大幅减少，高市早苗很可能在10月中旬举行的首相指名选举落选，使自民党沦为在野党。

公明党的支持母体创价学会与中国历来关系密切，对高市参拜靖国神社以及其强烈保守色彩的政策可能导致日中关系恶化深感担忧。

另一方面，在这次自民党总裁选举中，高市曾就“就任首相后是否参拜靖国神社”表示“会在适当时机作出恰当判断”。目前看来，自公两党面临联合执政以来的最大危机，迫于公明党的压力等高市决定放弃秋大祭参拜。

外界多认为高市此次的决定出于对公明党的顾虑。据公明党一名高层透露：“这次不参拜，应该是出于对公明党意见的体谅。”

7日，高市与公明党代表斋藤铁夫在国会内举行会谈，两党的干事长也出席。由于公明党内部及其支持母体创价学会对高市的保守政治立场表示担忧，公明方面在会谈中提出了靖国神社参拜、外国人政策以及“政治与金钱”问题的处理方式，并重申“如果这些顾虑得不到消除，就无法组建联合政权”的立场。双方未达成结论，有关联合执政的协议因此被搁置。

与此同时，8日，在野党立宪民主党和国民民主党的干事长及国会对策委员长举行了会谈。立宪民主党方面表示：“如果能形成共识，国民民主党代表玉木雄一郎也是有力候选人。”不过，目前尚无法确定立宪、国民两党以及日本维新会三党能否步调一致，如果三党达成共识，其众议院席位会超过自民党，高市早苗在首相指名选举中将落选。