1995 年的一天，为了探寻《永乐大典》正本的下落，中科院研究人员采用微重力测量方法，对嘉靖皇帝陵寝永陵地宫进行勘测。结果发现永陵地宫虽然与已经发掘的定陵地宫结构一样，但面积却比定陵地宫要大，足以放下《永乐大典》正本。假设《永乐大典》正本就在永陵地宫，那么这就意味着完全可以弥补现存《永乐大典》副本几乎流失在海外的历史遗憾。

之所以说《永乐大典》正本很可能就存在永陵地宫，主要原因在于嘉靖皇帝生前对《永乐大典》爱不释手。根据《明实录》的记载，为了能随时翻阅《永乐大典》，嘉靖专门下旨令太监在他的书桌和床头前放数册，看完后即时更新。1562 年紫禁城一度发生火灾，嘉靖不惜在一夜之间连下三道圣旨，要求无论如何也不能损坏《永乐大典》。当这次风波平息以后，嘉靖下旨让徐阶，高拱和张居正三人挂帅，组织书生重抄《永乐大典》，是为《永乐大典》副本。为了保证质量，嘉靖规定每人每天只能抄写三页，但必须一字不差，直到五年后的 1567 年 3 月才结束重抄工作。

但就在 1566 年 12 月，嘉靖皇帝病逝，享年 60 岁。离奇的是，直到 1567 年 3 月，灵柩才安放进永陵地宫，与此同时随着《永乐大典》重抄工作结束，即位的隆庆皇帝也对参与抄写的书生进行奖赏，可就在这以后再也不见《永乐大典》正本的下落。如果参照之前明朝皇帝的葬礼，从去世到下葬十三陵，来回路程不会超过一个月时间，而三个月时间足够三个来回了。很明显嘉靖的棺木在等待《永乐大典》重抄工作结束，一旦大功告成，不排除《永乐大典》正本作为陪葬品，与嘉靖棺材一起送到永陵地宫。

另外从永陵建设来看，其陵园也有足够面积放下《永乐大典》正本。首先在 1536 年为了兴建永陵，嘉靖皇帝调用的士兵人数超过 10 万人，在十个月内开销更达到了白银 300 万两，因此从占地面积来看，永陵为十三陵第二大陵寝，仅次于明成祖朱棣长陵。其次在营建地宫的时候，根据嘉靖旨意，工部是仿照长陵地宫九重法宫结构而建，且在建设的时候专门预留了空间，而这也为《永乐大典》正本可能安放在永陵地宫埋下伏笔。

至于现在海内外保存的《永乐大典》副本，之后的命运也是令人唏嘘不已。从明朝隆庆年间开始，《永乐大典》副本一直存放在皇史宬，直到清朝雍正年间转移至翰林院，使用樟木和铜皮制成的金匮安置。但从清朝中后期开始，《永乐大典》副本被人为监守自盗，按照 10 两白银一册的价格卖给洋人。而在 1900 年八国联军入侵北京的时候，《永乐大典》副本经历了毁灭性打击，最后在民国时期只剩下 64 册。

如今国家图书馆馆藏《永乐大典》副本共有 161 册，这当中还有相当一大部分是上世纪五十年代由苏联政府归还的，海外各大学，图书馆和博物馆则藏有 400 余册，加在一起也远远赶不上《永乐大典》真正的册数 11095 册。因此从研究角度来看，时机成熟发掘永陵地宫很有必要，如果能从中出土《永乐大典》正本全版，那么将是当年最大考古发现，可以及时整理出版，让《永乐大典》再度流传。