马英九基金会财政纪律案持续延烧，连带让人关注前总统马英九的健康状况。前国安会秘书长金溥聪受马英九之托，在日前对外公布国民党副主席萧旭岑手捧台商百万现金照片，并还原萧旭岑收台商钱时序。

马英九基金会则在29日发布新闻稿表示，针对前执行长萧旭岑及王光慈涉背信、侵占等案件，已正式提起刑事告诉，案件进入司法程序。

萧旭岑29日受访时表示遗憾，也重申没拿任何一分不应该拿的钱，强调如有任何不法，愿意辞去国民党副主席。他也透露，他过去一年确实跟马英九关系非常不好，甚至曾经大吵。但他始终存着保护马英九的心。

对此，总体经济学家吴嘉隆分析，要拉下马英九的幕后黑手恐是中共，目的是为了保护国民党主席郑丽文与副主席萧旭岑。他说，这目的很简单，应该是保护郑丽文与萧旭岑，作为国民党对中共的新的对口单位

但国民党文传会主委尹乃菁则驳回此说法，不清楚这样的根据是什么，这分析看起来像是在写小说，而且就算是小说，也很不合理。

另外也有台湾媒体人分析，马英九基金会风波，表面上是财务纪律争议，实际上已经演变成一场「谁能代表马英九」、「谁能掌握马英九政治遗产」、「谁能定义蓝营正统」的权力代理人战争。

并且在此风波中，国民党则始终维持低档，反映党中央在这场马办内斗中几乎失去议题主导权。马家家族一方要保护马英九的身体与法律安全，金溥聪一方要保护马英九的清廉与历史定位，萧旭岑则试图守住马办运作与两岸交流路线。但国民党中央却完全丧失了议题设定与危机引导的能力。

针对马办风波，由于萧旭岑收取厦门台商协会长现金捐款，其捐款人韩萤焕为深具统战色彩的「台企联」下一届会长候选人而引发热议。民进党立院党团干事长庄瑞雄表示，对国人最担心的是，特定政党有中国的代理权存在。

他也提到，前总统马英九在任期间对两岸非常向往，卸任后也仍具有一定影响力，尤其在两岸事务上。马英九基金会对中国仍具影响力、对两岸关系上有一定话语权，也会进一步对台商产生影响，难免让人联想到红钱问题。