蔬果要洗、白米要淘，许多人看到蛋壳上可能沾有脏污，也会顺手把鸡蛋冲洗干净再下锅。不过食品科学家提醒，在美国超市购买的盒装鸡蛋不需要清洗，冲水反而可能将细菌带进蛋壳；若是来自农场或自家后院的新鲜鸡蛋，处理方式则有不同。
据Simply Recipes报导，食品科学家兼注册营养师Jennifer Pallian表示，鸡蛋在产下时，蛋壳表面原本覆有一层几乎看不见的天然保护膜，英文称为「bloom」或「cuticle」，可像封条一样，帮助阻挡细菌穿过蛋壳。
在美国，超市贩售的盒装鸡蛋通常已由业者清洗。由于清洗会去除原有保护膜，生产商会在包装前为鸡蛋涂一层薄薄的矿物油，重新形成保护屏障。因此，消费者将鸡蛋带回家后，不应再次冲洗。
Pallian解释，蛋壳并非完全密封，表面有数千个让空气通过的微小孔隙。若在家使用冷水或温度不够高的自来水清洗，水可能经由孔隙被吸入蛋内，同时将蛋壳表面的细菌带进去。
美国农业部食品安全检验局（USDA FSIS）也表示，消费者没有必要自行清洗鸡蛋，也不建议这么做，原因正是清洗用水可能透过蛋壳孔隙被吸入，增加污染风险。
若鸡蛋来自农场摊位、朋友饲养的鸡或自家后院，则应先询问是否已经清洗。未洗过的新鲜鸡蛋通常仍保有天然保护膜，这并不是坏事，反而有助阻止细菌进入并维持品质。
这类鸡蛋同样不宜直接用水冲洗。若表面只有少量泥土或杂物，可以使用干布、纸巾或刷子清除。亚利桑纳大学合作推广中心建议，过度脏污、破裂、渗漏，或无法用干刷清理干净的鸡蛋应直接丢弃。
如果确实必须清洗，应使用温度略高于鸡蛋本身的水，不能使用冷水，洗完立即擦干并尽快食用。即使部分国家或地区会将未清洗的新鲜鸡蛋放在室温下保存，但该中心建议美国消费者尽快将后院鸡蛋冷藏。
保存位置也很重要。鸡蛋应留在原包装纸盒内，放入冰箱内部温度较稳定的位置，不要放在冰箱门上的蛋架。美国食品药物管理局（FDA）建议，冰箱温度应维持在华氏40度（摄氏约4.4度）以下，超市鸡蛋放在原盒中冷藏，最好在三周内使用。已经冷藏的鸡蛋不应再长时间留在室温下，超过两小时便可能增加细菌繁殖风险。
处理生鸡蛋前后，也应以肥皂和温水清洗双手，接触过蛋液的器具、设备及工作台面则要用热肥皂水清洁。FDA并提醒，即使外壳干净且没有裂痕的新鲜鸡蛋，仍可能带有沙门氏菌；需使用生蛋或未全熟鸡蛋的食谱，则应选择经过巴氏杀菌的鸡蛋或蛋制品。