马来西亚、印尼向来坚持不结盟外交，但近期印尼与解放军在台湾东部海域实施通航演练、大马首相安华的挺陆武统论，皆让台湾在东南亚处境堪忧。政大外交系教授黄奎博指出，中华民国主权在国际法理上并未消失，但民进党政府若一味以「台湾」自称，恐被国际解读为中国一部分；政府应坚守宪法立场、积极为东南亚外交困境发声，并思考降低两岸敌意，避免外交成果被大陆攻势抵销。
安华16日接受《半岛电视台》专访时，就台湾问题作出鲜明表态。他表示，各界或许对北京的作法不尽认同，但在「一个中国」的脉络下，台湾就是中国的一部分。面对是否会谴责北京武统台湾，安华虽未正面回应，但却以马国为例直言，若有一个州决定独立，他会动用包括武力在内等选项捍卫国家统一。
安华7月上旬才表示，大马外交政策仍维持独立、主动、不结盟的取向，黄奎博认为，那是一种「有原则但不受僵化约束」的做法，在持续推动符合马国价值观、信念与利益倡议的同时，坚定支持依国际法和平解决争端（具有大胆积极但不鲁莽的态度，以及独立自主却不放弃亲善合作的精神）。
另一方面，印尼总统普拉博沃则坚守不结盟、自由积极的外交政策取向，尊重所有大国，同时以「睦邻政策」与中国大陆、印度和俄罗斯做朋友。
黄奎博分析道，所谓不结盟，是采取原则性的立场，支持依国际法和平解决争端，不与超级强权或霸权结盟，不偏袒任何一方，也不加入任何军事集团或安全盟约。换言之，马、印的不结盟政策取向，并非不与中国大陆维持积极友好的关系，也并非会在台湾与中国大陆的主权之争维持中立。
他指出，马来西亚是当时东协成员国中，第一个与中共当局建交的国家，目前仍主张自1974年时任首相敦拉萨便开始的「一中政策」，安华更说是「大家都接受的一个中国」。该「一中政策」主要是指中华人民共和国政府为中国的唯一合法政府，承认中国政府关于台湾是中华人民共和国领土不可分割的一部分的立场。
印尼则一贯坚持「一中原则」，承认中华人民共和国政府，是代表全中国的唯一合法政府，台湾是中国不可分割的一部分，并坚定支持中国政府实现和平国家统一的努力。
黄奎博指出，民进党政府应该根据宪法，坚持中华民国的主权与合法性，当民进党政府越坚称它代表「台湾」而非中华民国，在许多国际政治外交语言中，「台湾」就是中华人民共和国的一部分。但1912年创立的中华民国，并非中华人民共和国的一部分，目前治权虽仅及于台澎金马，但在国际法理上并未消失，而且正好显示了中共当局并未拥有台湾主权。
黄呼吁民进党政府，应正视在东南亚的外交困难，该自中华民国立场发声、抗议的就要积极地做，同时思考以合宪合法的作为减少两岸敌意，「不要让我国对东南亚关系的发展，常被中共的政策攻势所抵销」。