国内流感疫情下降但尚未脱离流行期，上周就诊人次9万1879，较前一周下降6.4%，添加103例重症病例及38例死亡。一例死亡个案为南部有慢性病史、长期卧床60几岁女性，A流并发肺炎、菌血症，住院11天死亡，疾管署呼吁高风险族群接种公费疫苗，公费抗病毒药物延长至11月底。
疾管署防疫医师林咏青指出，南部一名60几岁女性，有高血压、脑中风病史，长期卧床，未接种本季流感疫苗。10月下旬发烧数天，有间歇性呼吸困难、低血氧，到急诊就医，检验发现血液、尿液白细胞增加，X光显示肺炎，快筛确认A流阳性，为流感并发重症、泌尿道感染。给予抗生素、流感抗病毒药物治疗，住院期间肺炎未改善，并发菌血症、呼吸衰竭且休克，11月上旬过世，共住院11天。
疾管署副主任李佳琳指出，国内流感疫情下降，但重症病例还是多，传播风险持续。统计第44周，即11月1日至11月7日的门急诊就诊人次，达9万1879人次，与前一周的9万8135人次相比，下降6.4%。目前社区流感病毒，仍以A型为最大宗，其中A型H1N1占94.7%。
李佳琳表示，上周添加103例重症病例及38例死亡，均以感染A型H1N1为多；本流感季累计645例流感重症病例，其中124例死亡，重症病例65岁以上长者占69.6%、具慢性病史者占85.1%，未接种本季流感疫苗占97.1%。中国、日本、南韩、美国、加拿大及欧洲疫情皆上升，其中，中国南方流行H3N2，其余流行H1N1。
疾管署发言人林明诚指出，流感急诊就诊人数连续7周下降，连续两周低于流行阈值，但重症人数这几周仍在85至150几人之间跳动，没有连续下降，因此尚未宣布脱离流行。公费抗病毒药物从原本11月15日延长至11月底。
新冠疫情部分，李佳琳指出，国内疫情持续下降；第44周门急诊就诊计1701人次，较前一周1858下降8.4%。近4周本土变异株以NB.1.8.1及PQ.16.1.1为多。
上周11月3日至11月9日添加2例本土重症病例及1例本土死亡病例，本季累计77例本土重症，其中14例死亡，重症病例65岁以上长者占61.0%、具慢性病史者占84.4%，未接种本季新冠疫苗占98.7%。全球阳性率上升，非洲、欧洲及东地中海区亦呈上升趋势，近期流行变异株以XFG、JN.1、NB.1.8.1、PQ.16.1.1及BA.3.2为主。
林明诚指出，侵袭性肺炎链球菌感染症防治有成效。今年截至11月9日，累计239例，以65岁以上长者约占5成为多；病例数较去年同期降幅达2成且低于近3年来同期，2024年为260例，2025年297例。今年30例死亡，为近4年同期最低，2023年至2025年分别为35、33、32例。PCV 20或21，
疾管署指出，今年公费流感及新冠疫苗自10月1日起开打，接种情形踊跃，截至11月4日，国内流感疫苗接种累计已逾550.4万人次、新冠疫苗接种累计已逾161万人次。
疾管署提醒，民众可先透过各地方政府卫生局网页、流感新冠疫苗及流感药剂地图（https://vaxmap.cdc.gov.tw）、疾管署万维网首页「115年度左流右新护肺顾心疫苗接种专区」、疾管家或1922防疫咨询专线，查找邻近合约院所，再电洽院所询问预约，以确保可施打到疫苗且节省排队等候时间。
疾管署强调，除接种疫苗外，亦务必做好手部卫生与咳嗽礼节，落实勤洗手、有发烧、咳嗽等类流感症状戴口罩及生病在家休息等措施，并持续留意流感及新冠并发重症发生风险，若出现呼吸困难、呼吸急促、发绀、血痰、胸痛、意识改变、低血压等危险征兆，应尽速就医以及时获得治疗。